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Taranto si affaccia sul Mar Ionio ed è situata a 15 metri sul livello del mare, in una zona pianeggiante protesa lungo l'asse Nord/Nord Ovest-Sud Est e circondata da Nord Ovest fino ad Est dall'altopiano delle Murge. Il suo territorio ha un'estensione di 209,64 km² ed è bagnato prevalentemente dal mare, essendo caratterizzato dalla presenza di tre penisole naturali e di un'isola artificiale, formatasi in seguito al taglio della penisola originale eseguito durante la costruzione del fossato del Castello Aragonese. La città è infatti conosciuta anche come "la città dei due mari", essendo bagnata dal Mar Grande lungo la costa esterna racchiusa nella baia delimitata a Nord Ovest dalla Punta Rondinella e a Sud dal Capo San Vito, nonché dal Mar Piccolo, che costituisce un vasto bacino interno.

Il Mar Grande, chiamato più frequentemente "rada di Mar Grande" in quanto vi sostano le navi in attesa, è separato dal Mar Piccolo da un capo che lo chiude a golfo, orientato verso l'isola artificiale che costituisce il nucleo originale della città, collegato al resto del territorio tramite il Ponte di Porta Napoli ed il Ponte Girevole. Il Mar Grande è inoltre separato dal Mar Ionio sia dal Capo San Vito che dalle Isole Cheradi di San Pietro e San Paolo. Queste ultime formano un piccolo arcipelago che chiude perfettamente l'arco ideale creato dalla baia naturale del Mar Grande.

Il Mar Piccolo è da considerarsi un mare interno, pertanto, presenta problemi di ricambio idrico. I suoi due seni sono idealmente divisi dal Ponte Punta Penna Pizzone, che congiunge la Punta Penna con la Punta Pizzone: il primo seno ha la forma di un triangolo grossolano, i cui vertici meridionali sono rappresentati dall'apertura ad Est sul secondo seno, e dall'apertura ad Ovest sul Mar Grande tramite il canale naturale di Porta Napoli; il secondo seno ha invece la forma di un'ellisse, il cui asse maggiore misura quasi 5 km in direzione Sud Ovest-Nord Est. Nel primo seno inoltre, sfocia il fiume Galeso.