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In età romana era chiamata Regium Lepidi, derivando il nome da Marco Emilio Lepido, fondatore della città e della via che dà il nome all'attuale regione. Dopo la conquista longobarda (VI secolo) e poi lungo il corso del Medioevo, la città assunse la denominazione di Reggio di Lombardia. Questo nome rimase quello ufficiale durante tutta l'esistenza del Ducato di Modena e Reggio, fino all'annessione dei territori estensi al Regno di Sardegna nel 1859 (anno in cui fu introdotto il nome attuale).

La città fu municipio romano. Con la caduta dell'Impero romano la città venne quasi spopolata. Divenuta sede vescovile, nel medioevo fu libero comune, ma soggetta a feroci lotte intestine, che portarono alla trasformazione in signoria sotto gli Este, e in seguito a Ducato (vedi Ducato di Reggio per l'estensione territoriale e Ducato di Modena e Reggio per la storia); in questo periodo la città prese il nome di Reggio di Lombardia, toponimo che ha le sue origini nell'Alto Medioevo ed è ampiamente documentato fino al momento della sua soppressione a seguito degli eventi bellici del 1859.

Con le invasioni napoleoniche Reggio fu unita alla Cispadana e poi Repubblica Cisalpina. Dopo la Restaurazione del Ducato nel 1815, Reggio appartenne agli Austria-Este fino al 1860 quando fu unita Regno di Sardegna, divenuto l'anno seguente Regno d'Italia.

Reggio nell'Emilia è tra le città decorate al valor militare per la guerra di liberazione perché è stata insignita della medaglia d'oro al valor militare per i sacrifici delle sue popolazioni e per la sua attività nella lotta partigiana durante la seconda guerra mondiale.

Dalla fine della seconda guerra mondiale, Reggio Emilia fu ininterrottamente governata da una maggioranza assoluta del Partito Comunista Italiano e, dagli anni Novanta, dalla coalizione dell'Ulivo. Si tratta di una delle poche realtà in Italia a non avere ancora sperimentato un'alternanza al potere tra soggetti politici contendenti.