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Il comune di Pistoia è attraversato da diversi corsi d'acqua, nessuno però di grandi dimensioni e tutti caratterizzati da un regime spiccatamente torrentizio.

Il principale di essi è l' Ombrone Pistoiese che lambisce ad ovest la città. Giunto nelle vicinanze del quartiere di San Biagio, l'Ombrone Pistoiese ha acque limpide e pulite, in grado di ospitare anche specie ittiche pregiate quali la trota fario, il vairone e lo scazzone.

Tuttavia la sua portata (a volte anche eccezionale nei mesi freddi) subisce drastiche diminuzioni d'estate, a causa soprattutto di prelievi indiscriminati per fini agricoli, quindi il torrente può rimanere in secca anche per diversi mesi, con gravi danni alla fauna ittica. Altro corso d'acqua importante è il torrente Brana, che cinge le mura della città a nord-est. Anche in questo caso il torrente giunge alle porte della città con discreta portata e acque abbastanza buone qualitativamente.

Tuttavia, giunta nella zona industriale di Sant'Agostino, la Brana risente notevolmente di inquinamenti di varia natura, leggermente mitigati da un impianto di depurazione posto nei pressi della località Armacani. Il torrente Bure nasce dal poggio dell'Acquifredola in due rami, che percorrono le valli di Santo Moro e di Baggio e si riuniscono in prossimità di Candeglia; prosegue a nord della città di Pistoia per gettarsi nel torrente Agna.

Altri corsi d'acqua minori risultano: il Rio Diecine, affluente della Brana presso i cimiteri; il Vincio di Montagnana, che si getta nell'Ombrone Pistoiese in località Pontelungo; il Vincio di Brandeglio, anch'esso affluente del principale corso d'acqua pistoiese presso la frazione di Gello. Purtroppo anche questi ultimi piccoli torrenti risentono di prelievi idrici da parte di aziende vivaistiche e, quindi, la parte finale del loro corso è pressoché priva di vita.