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Perugia si adagia su una acropoli collinare che sorge all'altezza media di circa 450 m s.l.m.. Nel punto più alto, Porta Sole, l'altezza è di 493 m s.l.m., caratteristica che ne fa la città italiana più popolata fra quelle poste (altitudine della casa comunale) ad un'altitudine superiore ai 250 metri sul livello del mare. Il centro storico si sviluppa intorno a questo punto, in parte cinto dalle antiche mura etrusche e medievali; il resto del territorio cittadino scende tutto intorno fino ai 280 m s.l.m. della valle di Pian di Massiano. Il territorio comunale, invece, arriva ai 170 m s.l.m., toccati nei pressi del corso del fiume Tevere, che ne segna i confini sud con il territorio di Torgiano.

Perugia sembra costruita su una sola collina, ma in realtà sono due: il colle del Sole e quello dei Landoni. La massima depressione tra le due alture si estende dal fosso di Santa Margherita, a est, al fosso della Cupa, a ovest. In epoca etrusca si scelse quest'area in quanto ricca d'acqua, ma presto ci si accorse che il terreno era anche piuttosto franoso.

A nord, i rilievi di monte Tezio e monte Acuto la separano dal comune di Umbertide, mentre un lembo di territorio arriva a toccare, all'estremo occidentale, le alture che circondano il lago Trasimeno. Ad est, infine, i primi contrafforti collinari dell'Appennino Umbro-Marchigiano la tengono in contatto con i territori del comune di Assisi e Gubbio.

Perugia gode di un clima temperato di tipo sublitoraneo interno con una temperatura media annua di poco superiore ai 13 °C. Il mese più freddo è gennaio.