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La città sorge su un angusto lembo di terra stretto tra mare e monti; diretta conseguenza di ciò è la presenza di numerosi quartieri collinari e la disposizione piuttosto irregolare della pianta urbana, che negli anni venti ha richiesto addirittura lo sbancamento del colle dei Cappuccini (dove sorge l'attuale Piazza Europa) per consentire al centro storico lo sviluppo possibile verso est, in direzione della piana di Migliarina, poiché l'area ad ovest è occupata dall'Arsenale Militare.

Tale sviluppo urbanistico ha richiesto ingenti opere di bonifica; infatti dove oggi sorge la gran parte dello scalo portuale era un tempo un'ampia zona paludosa, detta gli Stagnoni.

Il golfo che protegge la città ha una estensione di circa 150 ettari, ed è chiuso da una diga foranea lunga circa 2.210 metri con due passaggi, quello di ponente di circa 400 metri e quello di levante di circa 200 metri. L'insenatura del golfo ha una profondità di 4,6 km ed una larghezza di 3,2 km.

Proprio la particolare conformazione del golfo, ben riparato dalla furia delle mareggiate e da possibili attacchi nemici, ha fatto sì che alla Spezia venisse costruito uno dei più grandi arsenali della Marina Militare e, nel corso degli anni, si potesse sviluppare uno dei maggiori porti mercantili del Mar Mediterraneo.

La Spezia gode generalmente di un clima temperato caldo; nello specifico, il clima dominante è di tipo mediterraneo, influenzato da influssi atlantici e caratterizzato generalmente da inverni miti, grazie all'azione mitigatrice del mar Ligure e dello scirocco proveniente dall'Africa. Tuttavia non sono infrequenti le incursioni di aria fredda di origine balcanica (proveniente dai valichi comunicanti con la Pianura Padana che si trovano alle spalle della città) che fanno abbassare la temperatura, facendo scendere la colonnina sotto lo zero. La temperatura media del mese più freddo (gennaio) è di 7,6 °C. Le estati sono caratterizzate da temperature piuttosto elevate, con medie del mese più caldo (luglio) superiori ai 24 °C.