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Brindisi sorge su un porto naturale, un'insenatura che si incunea profondamente nella costa adriatica della Puglia. All'interno dei bracci più esterni del porto vi sono le isole Pedagne, un arcipelago minuscolo attualmente non visitabile perché utilizzato per scopi militari (Gruppo Scuole Onu, base realizzata ai tempi dell’intervento in Bosnia).

Presentando una morfologia del territorio pianeggiante, l'intero territorio comunale rientra nella Piana di Brindisi si caratterizza per l’elevata vocazione agricola dei suoi terreni. Si trova nella parte nord-orientale della pianura salentina, a circa 40 km dalla valle d'Itria e quindi dalle prime propaggini delle basse Murge. Poco distante dalla città si trova la Riserva Marina Naturale del WWF di Torre Guaceto. Il mar Ionio si trova invece a circa 45 km.

Il territorio brindisino è caratterizzato da un’ampia area sub pianeggiante dalla quale emergono depositi calcarenitici e sabbiosi di origine marina; i quali a loro volta presentano un livello più profondo argilloso del pleistocene inferiore, e uno ancora successivo carbonatico composto da calcari mesozoici e da terreni del ciclo sedimentario della Fossa bradanica. Lo sviluppo dell'agricoltura, soprattutto intensiva, ha causato un aumento dell'utilizzo delle risorse idriche comportando però un aumento indiscriminato degli utilizzi.

Città antichissima, porta d'Oriente, in un creocevia di culture e genti, ha vissuto una storia altalenante, caratterizzata da periodi aurei e periodi di decadenza, sempre in stretta correlazione alla sua posizione geografica e al successo del suo porto.