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La città sorge sulla costa 5 km a sud-est dalla foce dell'Ofanto ed è ubicata su di un bassopiano che varia dai 10 ai 30 metri sul livello del mare. Il centro abitato si estende per una lunghezza da est ad ovest di circa 6 km, una larghezza da nord a sud di circa 2 km ed un perimetro di circa 13 km. Confina, da nord in senso antiorario, con i comuni di Margherita di Savoia, che dista circa 13,6 km dal centro abitato; Trinitapoli, a circa 17,4 km; San Ferdinando di Puglia, a circa 19,6 km; Canosa di Puglia, a circa 22,2 km; Andria, a circa 11,3 km; Trani, a circa 13 km.

Morfologicamente, il territorio comunale è caratterizzato da un'altimetria discendente dall'entroterra verso il mare e presenta un rilevante salto di quota solo a ridosso delle antiche mura urbiche, dove l'area intra-moenia è posta a un livello superiore, che varia dai cinque ai sette metri, rispetto a quella sottostante, caratterizzata progressivamente verso il mare da arenili, litoranea e spiaggia.

Il terreno su cui insiste il territorio di Barletta è quello tipico della costa pugliese, caratterizzato geologicamente dalla presenza di arenarie, calcareniti, sabbia, argilla e tufo. Le trasformazioni antropiche del suolo avvenute nel corso dei secoli hanno visto però il territorio modificare il suo paesaggio agricolo. Analizzandone infatti la storia della flora è possibile notare cambiamenti sostanziali dal XIX secolo ad oggi. L'area protesa verso Canosa, calcarenitica, precedentemente adibita a prato per il pascolo, a vigneti e ad alberi da frutta oggi denota la totale scomparsa del verde a pascolo a vantaggio di vigneti e oliveti. Stessa sorte è toccata alla zona verso Canne che non mostra più cerealicoltura e vegetazione spontanea, tipica anche delle sponde dell'Ofanto, caratterizzate da un terreno argilloso, ma vigneti e oliveti, resi possibili nel caso delle rive fluviali con la costruzione di argini che hanno permesso di evitare i danni delle inondazioni avvenute fino al XIX secolo. Il territorio verso Trani, in precedenza paludoso, è stato bonificato ma quest'opera ha indotto allo stesso tempo una spontanea scomparsa delle specie fino ad allora presenti nei pressi delle acque stagnanti. La zona compresa tra Barletta ed Andria non mostra invece segni di sostanziali modifiche, mantenendo la sua tipica vegetazione ricca di oliveti.