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Oltre alle ville storiche sono presenti numerose altre aree verdi, nonché terreni dedicati all'agricoltura nelle zone più periferiche.
Le aree protette coprono complessivamente 40 mila ettari e sono una realtà recente, cominciata con l'istituzione del Parco regionale urbano del Pineto nel 1987 e di quello dell'Appia antica l'anno successivo.

Nel 1997 nasce l'ente regionale Romanatura e aumenta notevolmente il numero di zone protette e l'impegno della città nella valorizzazione del proprio patrimonio ambientale, valorizzazione che rimane però in larga parte insufficiente (in termini di recupero dal degrado e dall'abusivismo, soprattutto nelle zone meno centrali) in confronto alle potenzialità. Alcune delle aree protette sono:

• il Parco Regionale dell'Appia Antica (ettari 3460)

• la Riserva naturale della Marcigliana (ettari 4696)

• la Riserva naturale Valle dell'Aniene (ettari 620)

• la Riserva Naturale di Decima-Malafede (ettari 6145)

• la Riserva naturale del Laurentino (ettari 152)

• la Riserva naturale della Tenuta dei Massimi (ettari 774)

• la Riserva naturale della Valle dei Casali (ettari 469)

• la Riserva naturale dell'Acquafredda (ettari 249)

• la Riserva naturale di Monte Mario (ettari 204)

• la Riserva naturale dell'Insugherata (ettari 697)

• il Parco regionale Urbano di Aguzzano (ettari 60)

• il Parco regionale urbano del Pineto (ettari 243)

• il Monumento naturale di Mazzalupetto - Quarto degli Ebrei (ettari 180)

• il Monumento naturale di Galeria Antica (ettari 40)

• l'Area marina protetta delle Secche di Tor Paterno (ettari 1200)