Il territorio del comune di Lecce ospita diverse aree naturali e zone protette di notevole interesse ambientale.
Parco naturale regionale Bosco e paludi di Rauccio, esteso complessivamente su un'area di 625 ettari, risulta estremamente vario sotto il profilo ambientale. È situato nei pressi delle marine di Torre Chianca e Torre Rinalda.
Bacino dell'Idume, costituisce un'area di interesse paesaggistico molto rilevante. Di origine artificiale, il bacino che raccoglie le acque di alcuni fiumiciattoli, presenta un'interessante vegetazione di steppa salata con Salicornia annuale.
Oasi naturalistica Bacino Costiero Acquatina è una zona costiera umida con una superficie di 100 ettari sita nella marina di Frigole. Il bacino di acqua salmastra ricopre una superficie di 45 ettari e si estende per 2 km in posizione retrodunare.
Riserva Naturale Biogenetica di San Cataldo istituita nel 1977, occupa circa 28 ettari e comprende una pineta di Pino d'Aleppo.
Area Marina Protetta di Porto Cesareo: è delimitata da Punta Prosciutto a nord e da Torre dell'Inserraglio a sud e si estende fino a 7 kilometri dalla costa