Nell'ambito territoriale del comune di Brindisi sono dislocate alcune aree ambientali protette, alcune di recente istituzione:
- Il Parco naturale regionale Salina di Punta della Contessa: zona umida, ampia 214 ettari, che si sviluppa tra Capo di Torre Cavallo e Punta della Contessa;
- L'Oasi di protezione faunistica del Cillarese: invaso artificiale a nord-ovest di Brindisi di circa 170 ettari;
- La Riserva naturale regionale orientata Bosco di Cerano: un'area naturale protetta che ricade nel territorio di Brindisi e San Pietro Vernotico;
- La Riserva naturale regionale orientata Bosco di Santa Teresa e dei Lucci: è un'area naturale protetta composta dai due boschi di cui porta il nome. Con la Direttiva comunitaria 92/43 CEE, è stata inserita nell'elenco dei Siti di Importanza Comunitaria (SIC);
- La Riserva naturale statale Torre Guaceto e la Riserva naturale marina Torre Guaceto[23]: ricadenti in massima parte nel territorio del comune di Carovigno, sono gestite da un Consorzio di cui fanno parte i Comuni di Brindisi, Carovigno e il WWF.