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Esistono diverse versioni delle origini della città e del suo nome:

• fondazione del mitico Diomede, che le avrebbe dato il nome di Andros;
• sorta in seguito all'evangelizzazione della zona ad opera degli apostoli san Pietro e sant'Andrea, prendendo il nome da quest'ultimo costretto a rimanervi a lungo per una malattia;
• insediamento in epoca alto-medioevale di nuovi abitanti negli "antri", che diedero il nome al nuovo centro. Questi sarebbero stati costituiti dalle rovine dell'abitato romano di Netium (dove si erano rifugiati gli abitanti della città di Canne, distrutta nel corso della seconda guerra punica), che avrebbe cambiato nome in "Andri", in "Andra" e infine in "Andria";
• insediamento di monaci basiliani, fuggiti dall'impero bizantino tra il VII e il IX secolo: anche in questo caso il nome deriverebbe dal vocabolo latino antrum, o "grotta", in riferimento ai ripari (le "Laure") che i religiosi avevano scavato nella roccia tufacea.

La città comprendeva 12 casali, forse in origine ville rustiche, e ancora abitati in epoca alto-medioevale, quando ebbero in gran parte nomi di santi (Sant'Andrea, San Martino, Santa Caterina, Casalino e San Ciriaco, che si trovavano all'interno delle successive mura cittadine, e San Candido, San Vittore, San Pietro, San Valentino, San Lizio, San Lorenzo, Borghello, Trimoggia e Cicaglia, che restarono all'esterno di esse).

In un documento del 915 viene ancora citato come villaggio (locus) e risulta dipendente da Trani.